Современная оптическая система прибора позволяет распознавать патологии двенадцатиперстной кишки на ранних стадиях, что недоступно альтернативным способам диагностики.

С помощью дуоденоскопа можно проводить полный объем эндохирургических внутрипросветных операций в панкреато-билиарной зоне (ЭПСТ, РХПГ, удаление камней из общего жёлчного протока, иссечение опухолей, установка панкреатических и билиарных стентов). Терапевтические дуоденоскопы оснащаются инструментальным каналом большого диаметра, что позволяет использовать необходимые эндохирургические  приспособления, в также тонкий трансдуаденальный холедохофиброскоп – прибор, применяемый для извлечения конкрементов из жёлчных протоков.

Дуоденоскоп имеет конструкцию, традиционную для гастроскопического оборудования – гибкий стержень, осветительные и оптические элементы. Отличительной особенностью прибора является боковое расположение оптики и закруглённый дистальный конец, что облегчает введение прибора в пищевод.  Современные дуоденофиброскопы обеспечивают высокое качество снимков и видеоизображения. Доктор в ходе обследования получает подробную и чёткую картину состояния внутренней поверхности двенадцатиперстной кишки: изменения рельефа, направления складок и толщины слизистой оболочки, особенности сосудистого рисунка. Световодный разъем может быть оборудован сменным адаптером, что позволяет использовать в комплекте любое отечественное или импортное световое оборудование.

Инструмент вводится перорально. Процедуре предшествует анестезия ротоглотки (как правило, используется 10% раствор лидокаина). Несмотря на то, что конструкция дуоденоскопа облегчает его использование, определённую сложность представляет  продвижение трубки в верхнюю треть пищевода, выполняемое практически вслепую. При нормальном течении процедуры прибор вводится без усилий. Поэтому сильное сопротивление рассматривается как показание для извлечения дуоденоскопа и выявления  вероятных патологий пищевода эндоскопом с торцевым расположением оптики.